IACUC Protocol Drafter

ID: 105
Name: IACUC Protocol Drafter
Description: Draft Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) protocol applications, especially the justification section for the "3Rs principles" (Replacement, Reduction, Refinement).

Requirements

- Python 3.8+
No additional dependencies (uses standard library)

Usage

CODEBLOCK0

Parameters

Parameter	Type	Default	Required	Description
INLINECODE0, INLINECODE1	string	-	Yes	Path to input JSON file with protocol details
INLINECODE2, INLINECODE3

Input Format (JSON)

CODEBLOCK1

Output

Generate IACUC-standard application text, including a complete 3Rs principles justification section.

Templates

Built-in standard templates cover:

- Replacement: Justification for why live animals must be used
Reduction: Explanation of statistical basis for sample size calculation
Refinement: Description of measures to reduce pain and stress

Notes

- Generated content should be used as a draft and adjusted according to actual conditions
It is recommended to consult your institution's IACUC office for specific format requirements
Ensure all animal experiments comply with local regulations and institutional policies

Risk Assessment

Risk Indicator	Assessment	Level
Code Execution	Python/R scripts executed locally	Medium
Network Access

Security Checklist

- [ ] No hardcoded credentials or API keys
[ ] No unauthorized file system access (../)
[ ] Output does not expose sensitive information
[ ] Prompt injection protections in place
[ ] Input file paths validated (no ../ traversal)
[ ] Output directory restricted to workspace
[ ] Script execution in sandboxed environment
[ ] Error messages sanitized (no stack traces exposed)
[ ] Dependencies audited

Prerequisites

No additional Python packages required.

Evaluation Criteria

Success Metrics

- [ ] Successfully executes main functionality
[ ] Output meets quality standards
[ ] Handles edge cases gracefully
[ ] Performance is acceptable

Test Cases

1. Basic Functionality: Standard input → Expected output
Edge Case: Invalid input → Graceful error handling
Performance: Large dataset → Acceptable processing time

Lifecycle Status

- Current Stage: Draft
Next Review Date: 2026-03-06
Known Issues: None
Planned Improvements:

- Performance optimization - Additional feature support

IACUC 协议起草器

ID: 105
名称: IACUC 协议起草器
描述: 起草机构动物护理和使用委员会（IACUC）协议申请，特别是关于“3R原则”（替代、减少、优化）的论证部分。

要求

- Python 3.8+
无需额外依赖（使用标准库）

使用方法

bash

生成本地文件

python skills/iacuc-protocol-drafter/scripts/main.py --input protocolinput.json --output iacucprotocol.txt

使用标准输入/输出

cat protocol_input.json | python skills/iacuc-protocol-drafter/scripts/main.py

参数

参数	类型	默认值	必需	描述
--input, -i	字符串	-	是	包含协议详细信息的输入JSON文件路径
--output, -o

字符串 | stdout | 否 | 生成协议的输出文件路径 | | --template | 字符串 | standard | 否 | 模板类型（standard、minimal、detailed） | | --format | 字符串 | text | 否 | 输出格式（text、markdown、docx） |

输入格式（JSON）

json
{
title: 实验标题,
principal_investigator: 主要研究者姓名,
institution: 研究机构名称,
species: 实验动物种类,
numberofanimals: 50,
procedure_description: 实验程序的简要描述,
pain_category: B,
justification: {
replacement: {
alternatives_considered: [体外实验, 计算机模拟],
whyanimalsneeded: 必须使用动物的原因
},
reduction: {
samplesizecalculation: 样本量计算方法及理由,
minimization_strategies: 减少动物数量的策略
},
refinement: {
pain_management: 疼痛管理措施,
housing_enrichment: 饲养环境优化,
humane_endpoints: 人道终点设置
}
}
}

输出

生成IACUC标准申请文本，包括完整的3R原则论证部分。

模板

内置标准模板涵盖：

- 替代：必须使用活体动物的论证
减少：样本量计算的统计学依据说明
优化：减少疼痛和压力的措施描述

注意事项

- 生成内容应作为草稿使用，并根据实际情况进行调整
建议咨询所在机构的IACUC办公室了解具体格式要求
确保所有动物实验符合当地法规和机构政策

风险评估

风险指标	评估	等级
代码执行	本地执行Python/R脚本	中等
网络访问

安全检查清单

- [ ] 无硬编码凭据或API密钥
[ ] 无未经授权的文件系统访问（../）
[ ] 输出不暴露敏感信息
[ ] 已实施提示注入防护
[ ] 输入文件路径已验证（无../遍历）
[ ] 输出目录限制在工作区内
[ ] 脚本在沙盒环境中执行
[ ] 错误消息已清理（不暴露堆栈跟踪）
[ ] 依赖项已审计

先决条件

无需额外Python包。

评估标准

成功指标

- [ ] 成功执行主要功能
[ ] 输出符合质量标准
[ ] 优雅处理边缘情况
[ ] 性能可接受

测试用例

1. 基本功能：标准输入 → 预期输出
边缘情况：无效输入 → 优雅的错误处理
性能：大数据集 → 可接受的处理时间

生命周期状态

- 当前阶段：草稿
下次审核日期：2026-03-06
已知问题：无
计划改进：

- 性能优化 - 额外功能支持

iacuc-protocol-drafterIACUC协议起草