Pharma IP Expansion Agent
Specialized agent extending pharma team agents (Drug Discovery, Synthesis via chemistry-query, Patent/Literature/Tox/Safety).
Analyzes inputs (SMILES, keywords, profiles) for actionable IP insights: portfolio mgmt, infringement/FTO, prior art novelty,
strategic expansion. Outputs JSON/MD reports + RDKit viz (PNG/SVG).
Core Capabilities
Follow workflow: Parse input → Analyze → Generate report → Log to portfolio DB.
- 1. Portfolio Management: Track assets (patents/apps), monitor expirations. Use
scripts/agent.py track. - Infringement Analysis: RDKit Morgan FP Tanimoto (>0.8 flag risk) vs patent compounds.
- FTO Assessments: USPTO/PubChem searches for blocking patents in area.
- Prior Art Mining/Novelty: NLP extract claims/chemicals → suggest RDKit bioisosteres evading art.
- Strategic Expansion: Recommend continuations/repurposing based on trends.
Quick Start
Exec main agent:
python3 scripts/agent.py --mode analysis --input '{"smiles": ["CCO"], "from_agent": "synthesis", "therapeutic": "pain"}'
Output: JSON report w/ risks, suggestions, viz saved to assets/.
For multi-agent chaining (OpenClaw): Spawn sub-session w/ this skill active, pass JSON from chemistry-query.
Workflow Decision Tree
- - Input JSON/SMILES? → RDKit parse → Fingerprint → Compare patents (scripts/rdkitutils.py)
- Portfolio query? → SQLite query (self.db)
- FTO/Prior art? → API fetch → NLP parse (references/nlppatterns.md) → Similarity
- Strategic? → Market trends via PubChem stats + derivatives
- Edge: Intl/PCT/AI-inv? → Note variations, flag enablement risks.
Always output structured JSON: {"risks": [...], "suggestions": [...], "viz_path": "report.png", "recommendations": {...}} + MD report.
Multi-Agent Integration (OpenClaw)
- - Input from Synthesis/chemistry-query:
{"smiles": [...], "reactions": [...]} → Auto infringement check. - Chain w/ Tox/Safety: Incorporate ADMET/safety to prioritize claims.
- Spawn: INLINECODE3
- Autonomous: Cron portfolio checks.
Resources
scripts/
- -
agent.py: Main class IPExpansionAgent w/ all methods. Exec directly or import. - INLINECODE5 : FP/similarity/bioisosteres.
- INLINECODE6 : USPTO/PubChem APIs.
- INLINECODE7 : Claims/chem names (spaCy).
Test: INLINECODE8
references/
- -
apis.md: USPTO/EPO/PubChem endpoints. - INLINECODE10 : FP radii, Tanimoto thresholds.
- INLINECODE11 : Claims types, FTO best practices.
- INLINECODE12 : AI-IP, PCT notes.
Load via read references/apis.md for API details.
assets/
- -
report_template.md: MD report format. - INLINECODE15 : DB init.
- INLINECODE16 : Editable viz.
Copy to outputs.
Implementation Notes
- - DB: SQLite
ip_portfolio.db (assets/portfolio_schema.sql). - Thresholds: Tanimoto>0.85 high risk; configurable.
- Viz: RDKit PNG/SVG to current dir.
- Deps:
pip install rdkit-pypi requests pandas sqlite3 spacy scispacy (assume chemistry env). - Logging: To
logs/ip_expansion.log. - OpenClaw: Use
exec on scripts/ for analysis; write reports.
For updates, edit class methods.
Pharma IP扩展代理
专门扩展制药团队代理（药物发现、通过化学查询的合成、专利/文献/毒性/安全性）的代理。
分析输入（SMILES、关键词、概况）以获取可操作的IP洞察：投资组合管理、侵权/自由实施、现有技术新颖性、
战略扩展。输出JSON/MD报告 + RDKit可视化（PNG/SVG）。
核心能力
遵循工作流程：解析输入 → 分析 → 生成报告 → 记录到投资组合数据库。
- 1. 投资组合管理：跟踪资产（专利/申请），监控到期。使用 scripts/agent.py track。
- 侵权分析：RDKit Morgan指纹Tanimoto（>0.8标记风险）与专利化合物对比。
- 自由实施评估：USPTO/PubChem搜索该领域阻碍性专利。
- 现有技术挖掘/新颖性：NLP提取权利要求/化学品 → 建议RDKit生物电子等排体以规避现有技术。
- 战略扩展：基于趋势推荐延续申请/重新定位用途。
快速开始
执行主代理：
python3 scripts/agent.py --mode analysis --input {smiles: [CCO], from_agent: synthesis, therapeutic: pain}
输出：包含风险、建议的JSON报告，可视化保存至assets/。
用于多代理链式调用（OpenClaw）：启动启用此技能的子会话，传递来自化学查询的JSON。
工作流决策树
- - 输入JSON/SMILES？ → RDKit解析 → 指纹 → 对比专利（scripts/rdkitutils.py）
- 投资组合查询？ → SQLite查询（self.db）
- 自由实施/现有技术？ → API获取 → NLP解析（references/nlppatterns.md）→ 相似度
- 战略？ → 通过PubChem统计+衍生物的市场趋势
- 边缘情况：国际/PCT/AI发明？ → 记录变体，标记可实施性风险。
始终输出结构化JSON：{risks: [...], suggestions: [...], viz_path: report.png, recommendations: {...}} + MD报告。
多代理集成（OpenClaw）
- - 来自合成/化学查询的输入：{smiles: [...], reactions: [...]} → 自动侵权检查。
- 与毒性/安全性链式调用：整合ADMET/安全性以优先处理权利要求。
- 生成：sessions_spawn task=IP expand this SMILES from synth: ...
- 自主运行：定时投资组合检查。
资源
scripts/
- - agent.py：包含所有方法的主类IPExpansionAgent。可直接执行或导入。
- rdkitutils.py：指纹/相似度/生物电子等排体。
- patentfetch.py：USPTO/PubChem API。
- nlp_extract.py：权利要求/化学名称（spaCy）。
测试：python3 scripts/agent.py --help
references/
- - apis.md：USPTO/EPO/PubChem端点。
- rdkitguide.md：指纹半径、Tanimoto阈值。
- ipstrategies.md：权利要求类型、自由实施最佳实践。
- pharma_trends.md：AI-IP、PCT说明。
通过 read references/apis.md 加载以获取API详情。
assets/
- - reporttemplate.md：MD报告格式。
- portfolioschema.sql：数据库初始化。
- riskmatrixtemplate.svg：可编辑可视化。
复制到输出目录。
实现说明
- - 数据库：SQLite ipportfolio.db（assets/portfolioschema.sql）。
- 阈值：Tanimoto>0.85高风险；可配置。
- 可视化：RDKit PNG/SVG到当前目录。
- 依赖：pip install rdkit-pypi requests pandas sqlite3 spacy scispacy（假设化学环境）。
- 日志：记录到 logs/ip_expansion.log。
- OpenClaw：使用 exec 执行scripts/进行分析；write 生成报告。
如需更新，编辑类方法。
